Celem głównym badania jest ocena, czy istniejący system zarządzania i wdrażania Programu pozwala na efektywną i skuteczną realizację celów określonych w Programie. Badanie obejmuje sprawność działania poszczególnych instytucji, ich efektywność w wypełnianiu zadań oraz jakość przepływu informacji pomiędzy nimi. Przedmiotem analizy jest także identyfikacja ewentualnych zjawisk dublowania kompetencji i powielania zadań w poszczególnych instytucjach.